Od 2007 roku nasi bracia obejmują opieką duszpasterską także osadzonych z krakowskich zakładów karnych. Początki tej posługi wiążą się z decyzją ówczesnego metropolity krakowskiego kardynała Stanisława Dziwisza, który najpierw powierzył naszej wspólnocie kapelanię Aresztu Kraków-Podgórze, a następnie kapelanię Zakładu Karnego w Krakowie-Nowej Hucie. Likwidacja pierwszej z wymienionych jednostek zapoczątkowała naszą posługę w Areszcie Śledczym w Krakowie przy ul. Montelupich, którego filią jest obecnie również zakład w Nowej Hucie.

Nasza kilkunastoletnia posługa w krakowskich zakładach karnych to przede wszystkim sprawowanie sakramentów i rozmowy z osadzonymi, przygotowywanie chętnych do bierzmowania, a także inicjatywy duszpasterskie, kontynuowane przy wsparciu wielu osób świeckich. Do istotnych momentów tej pracy duszpasterskiej można zaliczyć przygotowanie miejsca modlitwy w areszcie w Podgórzu (2011) oraz kaplicy w Krakowie-Nowej Hucie. Najważniejsze działania podjęte w minionych latach przez kapelanów trynitarzy to: organizacja letniego wypoczynku dla dzieci osadzonych oraz wystawianie bardzo dobrze przyjętych spektakli teatralnych w wykonaniu więźniów. Co roku w piątek przed Niedzielą Palmową przeżywamy nabożeństwo drogi krzyżowej z udziałem osób osadzonych i według napisanych w więzieniu rozważań, a przed Bożym Narodzeniem odwiedzamy zakłady karne z opłatkiem i zestawami świątecznej żywności dla współosadzonych w każdej celi.